Το Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα Σπουδών στη Εκπαιδευτική Διοίκηση του Πανεπιστημίου Neapolis προσφέρεται στην Ελληνική γλώσσα και έχει διάρκεια 3 ακαδημαϊκά εξάμηνα, επίσης δύναται να γίνει εξ αποστάσεως. Οι τίτλοι σπουδών είναι αναγνωρισμένοι από τον ΔΟΑΤΑΠ.
Ο σκοπός του προγράμματος στην Εκπαιδευτική Διοίκηση είναι να προετοιμάσει και να εξειδικεύσει στελέχη της εκπαίδευσης, τα οποία υπηρετούν ήδη ως εκπαιδευτικοί, διευθυντές, σχολικοί σύμβουλοι, υπεύθυνοι εκπαιδευτικών δραστηριοτήτων, διοικητικά στελέχη εκπαιδευτικών υπηρεσιών και φορέων, προϊστάμενοι εκπαιδευτικών υπηρεσιών, υπηρεσιών επαγγελματικής κατάρτισης και δια βίου μάθησης.
Επιπρόσθετα στοχεύει να αναπτύξει στους φοιτητές την ικανότητα έρευνας και ανάλυσης, σύνθεσης και δημιουργικότητας σε κοινωνικά, περιβαλλοντικά και διεθνή προβλήματα που επηρεάζουν τη ζωή και τη λειτουργία των εκπαιδευτικών μονάδων και οργανισμών.
Επίσης στοχεύει στην παροχή σπουδών υψηλής ποιότητας με αποδέκτες όσους φιλοδοξούν να γίνουν «ηγέτες» στον τομέα της Εκπαιδευτικής Διοίκησης.
Το Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα στην Εκπαιδευτική Διοίκηση απευθύνεται επίσης σε όσους αναζητούν εργασία στην εκπαιδευτική αγορά και γενικότερα σε όλους όσους επιθυμούν την ανάπτυξη των εκπαιδευτικών οργανισμών τους και ενδιαφέρονται για την αποτελεσματική ανάπτυξη και διαχείριση των πόρων του εκπαιδευτικού τομέα καθώς και με τη συμμετοχή τους σε ευρωπαϊκά και διεθνή εκπαιδευτικά προγράμματα.